经安徽省人民政府批准，安徽医科大学临床药理研究所于1984年8月成立。
安徽医科大学临床药理研究所是我国从事抗炎免疫药理学和临床药理学研究的主要学术单位之一，是安徽医科大学重要的教学科研单位。主要开展炎症免疫性疾病的病理机制、抗炎免疫药物的基础与临床研究以及创新抗炎免疫药物研发等研究，在类风湿关节炎、急慢性肝损伤和肝癌等疾病的病理机制和治疗药物等方面研究取得了显著成绩，得到了国家自然科学基金（包括重点项目、面上项目、青年基金）、“863”计划项目、教育部博士点基金、安徽省科技重大专项等各类基金和项目的资助，获得了安徽省科学技术奖一等奖4项、省级科学技术奖二等奖4项，获得新药证书2项，发明专利6项，主编出版了20多部学术著作，发表SCI期刊收录论文200多篇。
临床药理研究所现有职工19人，其中博士生导师4名，硕士生导师12名，团队的年龄、职称、学历学位、专业背景等结构合理，是安徽高校首批科技创新团队（中药抗炎免疫药理学）、安徽省“115”产业创新团队（抗炎免疫药物的基础与应用研究）、安徽高校抗炎免疫药物科技创新团队。学术带头人担任国际药理学联合会临床药理学委员会委员、中国药理学会副理事长、中国药理学会临床药理学专业委员会主任委员、中国药理学会抗炎免疫药理学专业委员会副主任委员、《中国药理学通报》主编等职。
临床药理研究所现拥有药学一级学科博士学位授权点、药学博士后科研流动站、抗炎免疫药物教育部重点实验室、抗炎免疫药物协同创新中心、安徽省重点建设学科等学术技术平台，为学科发展、人才培养、科学研究、服务社会和国内外学术交流等提供了重要学术和技术支撑。
建所30年来，已培养毕业了82名博士、165名硕士，6名博士后研究人员，培养的研究生获得了全国优博论文提名、“中国药理学会-施维雅青年药理学工作者奖”等荣誉，在各自领域取得了重要成就，多人成为了单位主要领导、学术带头人或骨干。
临床药理研究所积极服务经济社会建设，利用专业优势推进产学研结合研究。多年来，与中国科学院合肥物质研究院、安徽安科生物工程（集团）股份有限公司、深圳市中润生物技术有限公司、扬子江药业集团、恒瑞医药股份有限公司、浙江海正药业股份有限公司等企事业单位建立了良好的合作，有力促进了我国创新药物的研发，为医药经济发展和人民健康做出了重要贡献。
1984年：安徽医科大学临床药理研究所成立
1985年：安徽省重点学科（药理学）
1986-1998年：国家卫生部临床药理基地（抗炎免疫药）
1990年：药理学博士学位授权点（安徽省属高校首个）
1992年：全国高校先进实验室
1999年：国家药品临床研究基地
2003年：药学博士后科研流动站（安徽省属高校首批）
2004年：抗炎免疫药理学安徽省重点实验室
2005年：安徽省中药研究与开发重点实验室组成单位
2005年：安徽高校中药抗炎免疫药理学科技创新团队
2007年：抗炎免疫药物安徽省工程技术研究中心
2008年：抗炎免疫药理学省部共建教育部重点实验室立项建设，2011年通过教育部验收并更名为“抗炎免疫药物教育部重点实验室”
2008年：安徽省“115”产业创新团队
2009年：国家中医药管理局三级实验室
2011年：药学一级学科博士授权点
2014年：抗炎免疫药物安徽省协同创新中心
2015年：安徽高校抗炎免疫药物科技创新团队
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